交大物理研究所(IOP)成立於1993年，核心目標與特色為深化學校應用科學發展的基礎及強化學校整體物理科學的研究與教學。本所儘管是個相對年輕且規模不大的研究所，但在教育、研究、以及國際合作方面的表現頗為積極。目前已有數個新穎專利以及研究成果刊登在「科學」、「自然」、及「物理評論快報」(Science, Nature, and Physical Review Letters)。對內，與電子物理系的合作大大拓展了交大基礎與應用物理科學的發展。
對外，與日本理化學研究所(RIKEN)以及德國馬克思普朗克研究院(Max Planck Institute for Chemical Physics of Solids)等國際研究中心均已簽訂合約，相互交流十分密切。本所研究目前可分為四大領域：凝態物理、中高能與宇宙論、原子分子與光學物理以及生醫物理，其中包括四個實驗小組及六個理論小組。實驗室及研究群細分如下：
· 低溫及介觀物理實驗室
· 「台灣交通大學－日本理化學研究所」聯合研究實驗室
· 有機半導體實驗室
· 量子體物理實驗室
· 宇宙射線實驗室
· 計算物理實驗室
· 軟凝態研究室
· 生物物理暨統計物理研究室
· 高能物理：格點規範場論研究室
· 原子分子光學(AMO)物理研究室
· 宇宙學研究室