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解碼後，結構基因體研究日益重要。後基因體時代所欲探索之奧秘，不僅僅是基因的序列，更重要的是基因的功能。基因的產物-蛋白質-更是在後基因體時代扮演著重要的角色。結構基因體利用Ｘ光結晶繞射分析、高磁場核磁共振技術大量解出的蛋白質結構，將為日後新藥的開發和疾病的防治奠定穩固的基礎。研究生物巨分子三度空間結構，不僅可以瞭解其結構與功能之間的關係，更可進一步進行藥物設計及延伸到其他生物科技產業的應用研究。
生物資訊研究所之成立宗旨為提供生物資訊基礎與應用之教學與研究。本所所招收學生基本上來自於生科(Life Science) 與資訊 (Information) 兩大領域。生物資訊研究所專業科目，包括基因生物資訊、結構生物資訊、分子模擬、資料庫結構與設計、計算生物演算法、結構生物、分子及細胞生物、遺傳學、分子演化、基因學。本所教授所研究領域包括蛋白質折疊模擬、『混合量子/分子力學』生物分子模擬計算結構基因體、生物分子結構分類與預測、蛋白質對接及反對接、大規模基因體序列比對。本所在九十一年獲得國家基因體計畫，與鄰校清大生科共同成立全國唯一的『結構生物資訊核心設施中心』。本所與國家衛生院及高速電腦中心亦有緊密的研究合作關係。
目標與特色

教學與研究並重，基礎與實務結合，著重跨領域研究發展，以結構生物資訊、計算基因體及蛋白質體學、計算化學與藥物設計、分子與基因演化、基因調控網路為重心，培育具理論與應用的生物資訊及系統生物人才，以期成為國際頂尖教學及研究機構