民國67年奉准成立交通工程系，然因課程相近於土木工程，遂於民國68年正名為「土木工程學系」。  本系教學與研究將以結合人類生活的需要以及能源、生態、環境(Energy, Ecology, Environment)的整體平衡為宗旨，並以培育新世代的土木工程師以及領導土木工程跨領域的創新研究為目標。此外，交通大學位在電子資訊與通訊科技領域享譽全球、且為台灣科技創新基地之新竹科學園區旁，擁有龐大的高科技資源支持尖端土木工程科技的研究，以及提供土木工程人員將先進技術應用於高科技廠房興建之機會，成為本系所獨具之發展優勢。因此，本系培育之學生，不僅具備成為優良土木工程師的條件，也同時擁有跨足高科技領域的機會與潛力。在教學精進方面，近期本系不遺餘力，進行並通過IEET國際工程教育認證，也持續推動跨專業領域之Capstone課程，透過做中學與產業的連結，提供學生即早學以致用及實務操作之經驗。        本系為充分利用交通大學的優勢，擴大新科技在土木工程相關領域的應用和研發，使畢業生能更符合未來的人力市場需求，目前正積極進行課程的改革，強化在校學生之訓練。不僅將土木工程專業科目更精緻化外，更開設「程式設計與行動裝置軟體開發基礎」、「全球定位系統概論」等大學部選修課程與「全球定位系統」、「大型專案財務學」、「遙測學」、「人工智慧在土木工程之應用」等研究所課程，確保專業教育與時代之進步及科技之發展同步，引入其它領域之新科技，配合新興行業擴展土木工程之應用領域。