本校於民國四十七年在新竹復校，而本院則於民國五十六年成立，初設電子研究所、電子物理及電子工程學系，之後陸續成立控制工程系所、電信工程系所、計算機工程系所﹑土木工程系所﹑機械工程系所航運技術系﹑應數系所﹑管理科學系所﹑海洋運輸系﹑運輸管理系﹑運輸工程研究所等。民國六十八年七月，本校奉命恢復大學全名，遂將工學院之部份系所劃出並成立理學院及管理學院。此時工學院內計有電子﹑控制﹑計算機﹑電信﹑機械﹑土木六個系所及博士班，七十八年度成立材料科學及工程研究所，七十九年度成立環境工程研究所，民國八十三年將電子、電信、控工、資工等系所由工學院劃出成立電機資訊學院。
工學院現有機械系、土木系、材料系、環工所、奈米所、產業安全與防災碩士在職專班、精密與自動化工程碩士在職專班、營建技術與管理碩士在職專班、半導體材料與製程設備在職專班、永續環境科技在職專班、影像顯示科技產業研發專班、半導體材料與製程產業研發專班、平面顯示技術學位學程、奈米學士班、加速器光源科技與應用碩士學位學程、聲音與音樂創意科技碩士學位學程、機械實習工場、防災中心、機械製造與熱流研究中心、生產自動化中心 、高效率能源科技研究中心等單位。其中機械實習工場以支援教學與研究為主，各研究中心則積極推動產學合作及大型整合型研究計畫。本院師資優良，其中百分之九十八以上之專任教師在其專業領域中具有博士學位，本院亦禮聘科學園區及附近研發單位之專家來院兼課，傳承他們豐富的實務經驗。本院教師教學認真負責，且重視學術與實務兩方面的研究，與產業界及國防研發單位有密切的建教合作關係。本院亦向產業界及社會大眾提供培訓、工業調查、檢測、鑑定、咨詢及專利審查等服務，成果顯著。在過去三十多年來為國家培育不少人才，畢業的校友廣佈於社會各階層中，默默地服務社會，建設國家，為本院贏得不少讚譽。

目前本院正積極推動城鄉規劃、環境保護相關研究所及中心之成立，希望為國家培育更多合用的人才，並配合國家發展的需要，推動整合型的研究，將研究成果貢獻予社會。